Z dniem 1 stycznia 2018 r. Marszałek Województwa Małopolskiego utracił wszelkie kompetencje wynikające z ustawy Prawo wodne.
Zgodnie z ustawą z dnia 20 lipca 2017 r. Prawo wodne (Dz. U. 2017 r. poz. 1566) z dniem 1 stycznia 2018 r. kompetencje: do wydawania decyzji – pozwoleń wodnoprawnych, decyzji ustalających linie brzegu dla śródlądowych dróg wodnych, wyznaczania aglomeracji zgodnie z Krajowym Programem Odczyszczania Ścieków Komunalnych, zbieranie i przekazywanie sprawozdań z Krajowego Programu Oczyszczania Ścieków Komunalnych należą do nowego organu tj. Państwowego Gospodarstwa Wodnego Wód Polskich w imieniu którego na terenie województwa zadania te wykonywać będzie Dyrektor Regionalnego Zarządu Gospodarki Wodnej Wód Polskich w Krakowie z siedzibą przy ul. Piłsudskiego 22.
Zgodnie z ww. ustawą dotychczasowe kompetencje marszałka dotyczące wydawania decyzji ustalających odszkodowania za szkody o których mowa w ustawie Prawo wodne od dnia 1 stycznia 2018 r. należą do wojewody.